1- Sitenizde yer alan .htaccess dosyasındaki kodlar apache ile uyuşmuyor olabilir.
Çözüm: Sitenizde yer alan .htaccess dosyasının adını değiştirin ve tekrar sitenize bağlanmaya çalışın. Eğer sitenize giriş yapabildiyseniz sorun .htaccess dosyasının içerisinde yer alan kodlardadır. Kullandığınız sürümün orjinal htaccess dosyası ile değiştiriniz.

2- Sitenizdeki dosyaların CHMOD ayarları güvenli değildir yada yanlıştır.
Çözüm: Mesela güvenliği yüksek sunucularda configuration.php dosyasının CHMOD ayarının 777 olması durumunda bu hatayı alırsınız. FTP’den sitenize bağlanın. Dosya ve klasörlerin CHMOD izinlerine bakın. Klasörlerin CHMOD’ları 755, dosyaların ise 644 olmalıdır. FTP hesabınızda yer alan tüm dosya ve klasörleri inceleyin ve hepsini tek tek düzeltin.

3- Sitenizin anasayfasında dışarıdan veri çeken modül varsa hataya bu neden olabilir.
Çözüm: Sitenizin yönetici sayfasına bağlanmaya çalışın. Eğer yönetici paneline bağlanabiliyorsanız hata büyük ihtimal bulunla ilgilidir. Yönetim panelinden sitenizin anasayfasında yer alan ve dışarıdan veri çeken modülleri kaldırın. Bu modüller genelde hava durumu ve döviz modülleridir.

4- Kullandığınız script yada CMS’de hatalı kodlama olabilir.
Çözüm: Eğer çok tanınmamış script kullanıyorsanız yada kendi kodlarınızı yazıyorsanız bu hatayla karşılaşmanız muhtemeldir. Diğer ihtimalleri denedikten sonra lütfen kodlarınızı tekrar kontrol ediniz.

5- Kullandığınız script çok fazla kaynak tüketiyor olabilir. Sistem üzerinde başlatılan bir süreç sunucu kaynaklarının hosting hesaplarına tanımlanan limitleri dahilinde işlemi bitiremezse yine internal server error hatası verir. Örneğin sunucuda 64Mlık bir memory_limit vardır. Bu demektir ki sisteminiz hafızada bir veri tutmak isterse bunun boyutu 64MB olabilir. Bunun üzerindeki verileri tutmaz. İşleminiz bu verilerden daha çok veri tutmaya çalışırsa sayfaya internal server hatasını döndürür.
Çözüm: Yaptığınız işlemi tekrarlayın, sayfayı yenileyin. Eğer toplu posta gönderimi gibi işlemler yapıyorsanız, postalarınızı gruplandırırak gönderiniz. Joomla’da içeriklerinizi listelerken 100′lü listemele seçeneğinde bu hatayı alıyorsanız, listeleme seçeneğini 20 yada 50 olarak ayarlayınız.